La commune est sur la rive gauche la Vilaine. Elle fait face à celle de Guipry située sur la rive droite. Les deux bourgs sont reliés par les ports de Messac et de Guipry. Plusieurs vestiges de la préhistoire sont visibles sur le territoire de la commune de Messac, notamment les menhirs des Grées et des cupules du Néolithique - Age du Bronze aménagées par les peuplades anciennes sur des rochers de la Vilaine près du village de Clédy (visibles en toutes saisons) et celles du Port de Messac,plusieurs dizaines (visibles lors des basses eaux). Ce site est probablement le plus important du département. Vestiges très entamés d'une motte médiévale à Raulin sur la rive gauche de la Vilaine face à celle située sur l'autre rive à Baron (commune d Guipry). Un gué dallé existait à cet endroit dans le lit de la Vilaine. En 843, la bataille de Messac voit la victoire de Renaud de Nantes sur le chef viking Hasting, allié au comte de Nantes Lambert et au Breton Nominoë.